Buchlovice patří do povodí Moravy. Dva toky, které jím protékají Buchlovický potok a Dlouhá řeka se v jeho jižní části stékají a pokračují dál už jen jako Dlouhá řeka, která se pod Nedakonicemi u Uh. Ostrohu vlévá zprava do Moravy. Z hlediska možného povodňového ohrožení je mezi těmito toky zásadní rozdíl, Buchlovický potok podstatně ohrožuje zástavbu městyse Buchlovice, zatímco Dlouhá řeka pouze rekreační oblast Smraďavku a větší ohrožení představuje pro následující sídla ve své inundaci - Boršice a Nedakonice. Dlouhá řeka je nejdelším tokem jižní části Chřibů, Buchlovický potok je prudší a rozvětvenější.
Nejvýznamnějším tokem (přítokem Dlouhé řeky) v katastrálním území Buchlovic je Buchlovický potok (IDCEVT 10 200 544), který je do Dlouhé řeky zaústěn v jihovýchodním okraji katastrálního území Buchlovice zleva pod VN Sovín. Buchlovický potok, se svými četnými přítoky protéká nejprve zalesněnou severovýchodní částí území v jižním směru, dále celým zastavěným územím městyse Buchlovice, kde je recipientem dešťových kanalizací, dešťových oddělovačů jednotné kanalizace a recipientem ČOV.
Jedná o tok, ve kterém dochází ke zvýšení hladin v malém časovém odstupu od kritických dešťových srážek z důvodu bystřinného charakteru horního toku potoku a rozsáhlého svodného území s prudkým spádem zásobovacích svahů. Z toho důvodu je malý časový prostor pro aktivaci varování a přijetí odpovídajících opatření.
Správcem toku jsou Lesy ČR s.p. a kromě opatření navrhovaných v souladu s dokumentací Studie ochrany před povodněmi na území Zlínského kraje, neuvažuje ani ve výhledu s žádnými úpravami nebo opatřeními, výjma běžné údržby, spočívající v čištění upravených koryt a probírce břehových porostů.
Hlavním recipientem katastrálního území městyse je Dlouhá řeka (IDCEVT 10 185 722) se svými přítoky, která protéká zalesněnou západní částí katastrálního území nejprve jižním směrem, aby se u rekreačního střediska Smraďavka - Leopoldov stočila, naplnila VN Sovín a opustila katastrální území jihovýchodním směrem na Boršice.
Dlouhá řeka je bystřinný a přímý tok, který přivádí dešťové srážky do katastru Buchlovic - Smraďavky svým údolím Dlouhé řeky z území Chřibského hřbetu. Přesto zde dochází k poměrně rychlému zvýšení hladiny a ohrožení přilehlé jihozápadní zástavby území městyse. Správcem toku jsou Lesy ČR s.p.
Půdorys říční sítě nad městysem má v základních rysech u Dlouhé řeky přímý, u Buchlovického potoku vějířovitý tvar. Oba vodní toky odvodňují jižní úpatí Chřibů směrem k hlavnímu toku Dolnomoravského úvalu, řece Moravě. Pro svůj bystřinný charakter mají povodňové epizody rychlý, bouřlivý až nenadálý průběh, a jejich účinek bývá významně nebezpečný, i když poměrně rychle odezní. Nebezpečí hrozí jak z letních přívalových a déletrvajících srážek, tak z jarního tání.
Ledové jevy, které by ohrožovaly městys Buchlovice se zde ve významnější míře nevyskytují. Pokud by došlo k zalednění na Buchlovickém potoce nebo Dlouhé řece, je tento jev výrazně omezen bystřinným charakterem toků, kdy k nápěchům nemůže na mostcích ani lávkách docházet. Na druhé straně ovšem hrozí významné zvýšení hladin při jarním tání sněhové pokrývky na Chřibských vrších doprovázeném dešťovými srážkami.